包皮过长易使包皮垢在皮下堆积，易致细菌感染，引起阴茎头包皮炎。如果炎症性粘连可影响包皮松动，形成继发性包茎，甚至导致尿道外口狭窄。

包皮过长，阴茎粘膜平常受到的刺激就会减少，使得阴茎粘膜的神经感觉过于敏感，性生活时阴茎和阴道摩擦一触即泄形成早泄和性交痛，降低精子活动力和精液粘度造成不育。这是临床上一部分患者不育症的真正病因所在。

科学研究表明，包皮垢是一种致癌物质，包皮过长有诱发阴茎癌的可能。据调查，85%-95%的阴茎癌患者，都是包茎或包皮过长。包茎和包皮过长，不仅影响男性自身健康，如果和妻子同房未采取措施，还会把包皮垢带入女性阴道，刺激子宫，诱发女性子宫颈癌。

在青春期由于阴茎头被包皮紧紧包住，得不到外界的应有刺激，阴茎头的发育受到很大束缚，致使性器官发育成熟后的阴茎头冠部的周径明显小，影响性快感。

由于阴茎发炎，可能诱发尿道口或前尿道狭窄，造成排尿困难，男性朋友的长期排尿困难，就会损害肾脏的功能。